二十四
二十三岁的一年依旧是在迷茫中四处冲撞和摸索,只是相比于之前,许多事情开始逐渐尘埃落定,慢慢清晰起来。眼看着年龄跳向了二十四,不得不感慨,逝者如斯夫。
这一年最大的变化就是尝试着打破自己的舒适圈。在一个习惯的环境下待太久,思维和行动都会开始倦怠。我试着像刚刚进入大学那样,抛开所有成见,强迫自己从零开始勇敢尝试。虽然这个过程很难,回头想想也的确收获良多。 比如理想。我想这可能是上天送给我的二十四岁生日礼物。对于我来说,这种感觉就像紧闭多年的大门吱呀一声被推开,有一双厚实的手拉着我走出去,我模模糊糊地看到了阳光洒落大地,空气弥漫芬芳。从陌生拘谨,到心有灵犀,从能够细数每一次见面的点滴,到回忆满得要溢出记忆。甜蜜和苦涩交织的生活里,永远都不缺少希望。愿一切终归平静后,我们都会成为更好的自己。
这一年做出的最重大的一个决定就是读博。各种纷繁复杂的念头开始于2019年初一个失眠的夜晚,不同的人不同的观点在我的脑子里嗡嗡作响了一个晚上。大多数时候人的焦虑都来自于对未知的恐惧,以及自身能力与预期目标的落差。本科四年我就像一块海绵拼命地吸取养分,内心相信未来充满无限可能。随后逐渐发现,脚下的路越来越窄, ...
Mimics三维CT重建
CT扫描得到的图像是多张dicom格式文件。如果只需要显示图像序列,可以用ImageJ软件导入图像序列查看。Mimics软件(全称Materialise’s Interactive Medical Image Control System)是一个CT、MRI、超声等医学图像的显示和分割工具,可以将断层扫描的结果转换成机械领域软件可以处理的格式,如STL等。下面以Mimics 21为例,总结最基础的利用多张dcm图片进行三维重建的步骤:
导入文件打开Mimics软件,点击New Project并导入CT图像。
接下来确认信息,点open
转化完成后一般图像方向也会自动设置好,但有些文件需要手动设置方向,比如下图。一般要从六个方向对图像定位,即上下左右前后,Top、Bottom、Left、Right、Anterior、Posterior。
直接点击“X”进行设置,设置完成后如下图。
图像显示确定图像方向后,Mimics会自动生成横断面、冠状位、矢状位和三维视图。
界面排版可以在菜单栏VIEW下面的的Layouts处修改。
阈值分割阈值分割是通过选择一定的像素灰度值范围来对对象进 ...
ImageJ/Fiji批量处理
有时我们需要用ImageJ对大量图片重复进行复杂的处理,无法手动完成,ImageJ中有多种方法可以实现批量处理,本文将介绍一种利用脚本进行批量处理的方法。
ImageJ官网上关于宏编程的介绍: https://imagej.net/Introduction_into_Macro_Programming关于批处理的介绍: https://imagej.net/Batch_Processing
获取宏代码第一步是获取所需操作对应的宏指令。我们不必关心具体的语法,只需要用Macro Recorder把一步步操作记录下来,自动生成对应的语句。
打开菜单栏中Plugins->Macros->Recorder,保持窗口开着,接下来所有动作都会自动记录。例如下图显示的是打开图片,转化为8-bit格式,二值化。
当然关于宏编程也有官方的指导手册:ImageJ Macro Language Programmer’s Reference Guide
【图片读写路径需要注意,可能在windows系统中需要用双斜线//。】
用脚本文件批量处理第二步是生成脚本文件。点击”Create”按钮弹出新的 ...
德累斯顿游记
坐在去柏林的火车上,再一次跨过易北河,远离德累斯顿。在过去的一周里,每天我们都会坐电车,往返于河流两岸。静静流淌的河流,见证了这座城市的沧桑变化,毁灭重生。
1945年,盟军对德累斯顿实施毁灭性轰炸,整个德累斯顿内城被彻底摧毁。被整整轰炸了两天的德累斯顿到底有多少人死亡,众说纷纭,从两万五到十几万,历史学家到现在也说不清楚。1960年,面对德累斯顿的断垣残壁,肖斯塔科维奇用三天的时间,写下了他最有名的《第八弦乐四重奏》。他在《第八弦乐四重奏》的标题下写道:“献给法西斯主义战争受难者”。对于德累斯顿,令我感触最深的是这里的公共交通。每天我们乘坐最多的是电车。在比较宽阔的道路上,电车和汽车分别有不同的道路,但大部分道路比较窄,宽度仅能允许一辆车通过,汽车就会行驶在嵌有电车轨道的马路上。当电车需要停靠乘客时,所有汽车都会排在电车后面等待。电车票需要在一个黄色的自助售票机上购买,上车后在橙色的机器上打票,打印上编号的票才是一张有效的车票。整个过程完全没有工作人员监管,全部靠乘客自觉。可能是因为德国肥胖率比较高,电车上有专门的加宽座位。同时德国火车座位很宽也很舒适,以至于坐在二等座上有种坐着一等 ...
小暑
小暑是夏天的第五个节气,表示季夏时节的正式开始。《月令七十二候集解》:“六月节……暑,热也,就热之中分为大小,月初为小,月中为大,今则热气犹小也。”暑,表示炎热的意思,意指天气开始炎热,但还没到最热。
小暑三候:温风至;蟋蟀居壁;鹰始挚。温风至,温风是热风,东汉王粲的《大暑赋》中有”熹润土之溽暑,扇温风而至兴”之句,熹是炙、烤;蟋蟀居壁,后五日蟋蟀生而还在穴中面壁,不能出穴飞,农历七月后才出穴,活跃草丛间求偶,到八月天凉会聚到院中,令小院鸣声鼎沸,天越凉离人越近;鹰始挚,再五日,鹰已经先感知到肃杀之气将至,开始练习搏击长空了。《本早纲目》中记载,因性寒、解暑,西瓜在古时被叫做”寒瓜”。而后来如何被转叫做了西瓜,有两种说法,一是说由于水多肉稀,于是大家便都叫稀瓜,传来传去又变成了西瓜。这个理由倒是印着了它英语名字—watermelon水瓜的逻辑。另一种推断则为更大多数人认同,明代徐光启《农政全书》中讲,”西瓜,种出西域,故之名”。至于如何传入中土,相传五代时期一个叫胡峤的人,虏居契丹七年,这期间不仅著成了《陷虏记》数卷,还生平第一次品尝到了西瓜,似乎也过得不无开心。”西瓜”二字便是出现在 ...
最后一天
今天是6月的最后一天,2019年上半年的最后一天,也是我在四牌楼图书馆工作的最后一天。转眼在图书馆已经工作三年了,从中文书库,到报纸期刊、外文阅览室,在这里逐渐认识和熟悉了一楼到六楼的每一间阅览室和每一排书架,他们就像一群不会说话的朋友,永远都是这样不动声色地观望和倾听着一切,让人心安。
每一个朋友都有自己的脾气和特点。中文书库有高大的书架和低矮的屋顶,当站在架子之间时,让人有一种书籍从四面八方涌来的压迫感。在许多周日的早晨,外文阅览室里,阳光把斑驳的树影投射在米色的窗帘上,一眼望去偌大的房间里只有整整齐齐的桌椅和书架。三年的时间见证了太多的改变,报刊装订登记的表格写了几大页,新书扫描的本子写满了整整一本,中文书库经历了几次倒架、重排,外文阅览室大的搬迁、统计和排序,还有许多地方都已经与之前大不相同,我们都一样,在一点点地变得更好。
非常幸运地在这里认识了许多美好的人,一起欢乐工作的小伙伴,对我很好的谭老师、王老师和小陈老师,也许将来我们很难再遇见,默默祝福你们,未来可期。
LBM中的无量纲化和离散化
国内文章很少有关于格子玻尔兹曼法中单位选择和换算的解释,最近读到一篇palabos上关于单位选择的文章,大致翻译和总结如下。
基本原理格子玻尔兹曼模拟能够代表一个真实存在的物理系统。在实施过程中,总会出现如何选择模拟量单位的问题。有两个约束条件决定了这个选择。首先,模拟应该和物理系统等效。其次,为了达到要求的精度,需要对参数进行微调,即网格要有足够的分辨率,离散时间步长要足够小等。
本文假设最终目标是求解一个宏观流体方程,比如不可压缩的N-S方程。这里介绍的方法包括两个步骤。第一步,将物理系统转化为无量纲系统,无量纲系统不依赖于原始的物理尺度,也不依赖于仿真参数。第二步,将无量纲系统转化为离散系统。这三个系统(物理系统P、无量纲系统D和离散系统LB)之间的对应是通过无量纲或者无尺度的数来实现的。例如,不可压缩N-S方程的解只依赖于一个无量纲参数,即雷诺数Re。因此,这三个系统具有相同的雷诺数。从(P)过渡到(D)是通过选择特征长度$l_{0}$和时间尺度$t_{0}$实现的,而从(D)到(LB)是通过选择离散空间步长Δx和时间步长Δt实现的。物理系统(P)——$Re,l_{0},t_{ ...
宵漏自此长
昼晷已云极,宵漏自此长——韦应物《夏至避暑北池》
夏至,太阳直射北回归线,北半球的白昼达到一年中的最长,且越往北昼越长。夏至是最早被确定的一个节气。《月令七十二候集解》:“五月中……夏,假也,至,极也,万物于此皆假大而至极也。”在传统的阴阳理论中,夏至是阳气生发至极点,开始收藏的节气。与冬至相对应(夏至一阴生,冬至一阳生),阳气虽盛已经失势,出现阴长阳消之象。
夏至三候:一候鹿角解,鹿角属阳开始脱落。二候蝉始鸣,雄性的夏蝉鼓翼而鸣。三候半夏生,喜阴的药草在湿地中出生。
南京进入了梅雨季,湿漉漉的天气给原本就紧张忙碌的生活又添加了一丝压抑。最近特别喜欢听一首歌《父亲的草原母亲的河》,第一次听到它的时候就十分震撼,既有一种面对无限天地直抒胸臆的畅快感觉,又不失浓重的情感。后来知道这首歌词作者是席慕容,更添加一份亲切和喜爱。印象里另一首和它类似的歌,是去年听到阿云嘎演唱的《生命的故乡》,同样是大气磅礴的声音和旋律。这就是草原歌曲的魅力所在吧(突然觉得自己可能老了)。
C++中的static
定义static是C++中关于存储类型的说明符,用static说明的变量称为静态变量。它被用来控制变量的存储方式和可见性。
什么情况下使用静态变量在函数内部定义的变量,当程序执行到它的定义处时,编译器为它在栈上分配空间,函数在栈上分配的空间在此函数执行结束时会释放掉,这样就产生了一个问题: 如果想将函数中此变量的值保存至下一次调用时,如何实现? 最容易想到的方法是定义为全局的变量,但定义一个全局变量有许多缺点,最明显的缺点是破坏了此变量的访问范围(使得在此函数中定义的变量,不仅仅只受此函数控制)。static关键字则可以很好的解决这个问题。另外,在 C++ 中,需要一个数据对象为整个类而非某个对象服务,同时又力求不破坏类的封装性,即要求此成员隐藏在类的内部,对外不可见时,可将其定义为静态数据。
静态变量的特点
静态变量军存储在全局数据区,如果程序未显示地给出初始化值,则等效初始化为全0.
静态变量占有的空间要到整个程序执行结束时才释放,因此静态变量具有全局生命期。
静态类成员是由static修饰的类成员,为其所有对象共享,不管有多少对象,静态成员只有一个存在于公共内存中
几种使用方式 ...
时雨及芒种
时雨及芒种,四野皆插秧。家家麦饭美,处处菱歌长。——陆游《时雨》
芒种是夏季的第三个节气,表示仲夏时节的正式开始。《月令七十二侯集解》:“五月节,谓有芒之种谷可稼种矣。”此时中国长江中下游地区将进入多雨的黄梅时节。
芒种一词,始于《周礼》:“泽草所生,种之芒种。”东汉郑玄释义曰:“泽草之所生,其地可种芒种,芒种,稻麦也。”林清玄曾写道:“稻子的背负是芒种,麦穗的传承是芒种,高粱的波浪是芒种,天人菊在野风中盛放是芒种……有时候感觉到那一丝丝落下的阳光,也是芒种。六月的明亮里,我们能感受到四处流动的光芒。”这是一个承上启下,充满希望的时节。田野间的辛劳,教室里的高考,各奔东西的朋友,连绵不断的阴雨,许多年后这一切又会成为充满夏天味道的记忆吧。
芒种三候。一候螳螂生。“蝉响螳螂急,鱼深翡翠闲。”螳螂于深秋生子于林间,一壳百子,此时破壳而出。二候鹃始鸣。鹃即伯劳,“伯劳以五月鸣,其声鹃鹃然”,以声命名。《诗经》有“七月鸣鹃”,周七月即夏五月。三候螳反舌无声。“反舌”即百舌鸟,“螳螂、鹃皆阴类,感微阴生或鸣,反舌感阳而发,遇微阴无声也。”
东南大学百年校庆碑记
吾校據古城金陵,東枕鍾山,西倚鼓樓,北臨後湖,乃昔日六朝皇宮內苑之所在,古松郁郁,萬木蔥翠,山擁水映,人傑地靈。曩者東吳景帝之立五經博士,劉宋雷次宗之奉诏興學,祖沖之任職華林學省與校試指南車,沈約、蕭衍之開格律詩詞先河,蕭梁昭明太子之編《文選》,明初國子監且修《永樂大典》,清開江甯府學及文昌書院,其地皆在於斯。煌煌千載,其文化積澱之深厚,教育曆史之悠久,鮮有能與之比肩者!
一九零二年張之洞創建三江師範學堂於茲,厥後又幾經更叠,曰:兩江師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、國立第四中山大學、江蘇大學、國立中央大學、國立南京大學、南京大學、南京工學院,後複更名爲東南大學,建校至今,凡百年矣。
百年間吾校俊彥雲集,英才輩出,辦學成就卓著,學術薪火相傳。自兩江師範“嚼得菜根,做得大事”,南高師“誠樸、勤奮、求實”之校風及“民族、民主、科學”之精神,與乎東大、中大“止於至善”之校訓,直至南工標舉“嚴謹求實,團結奮進”,爲吾校塑起“至善”、“誠樸”之形象,造就“創新”“雄偉”之業績。縱觀百年,吾校誠不愧爲中華文明傳承之學府 ...
小得盈满
夜莺啼绿柳,皓月醒长空。最爱垄头麦,迎风笑落红。——《小满》 宋·欧阳修
《月令七十二候集解》:”四月中,小满者,物致于此小得盈满。”这时候,中国北方冬小麦类的夏熟作物进入了灌浆期,子粒开始鼓涨饱满,到了下一个节气芒种就已经熟透,可以收割了;而南方的水稻田里,早稻的追肥,中稻插秧都仰颈企盼着雨水的润泽。”大落大满、小落小满”,江南称下雨为”落雨”,小满时节,落雨虽未及大落,但水稻田已将近盈满。小满的”满”字既意指北方麦粒的饱满,又关乎南方雨水的丰盈。万物生气盎然,又从容不迫。
小满分为三候:“一候苦菜秀, 二候靡草死, 三候麦秋至。”小满节气后, 苦菜已经枝叶繁茂;之后, 喜阴的一些枝条细软的草类在强烈的阳光下开始枯死;在小满的最后一个时段, 麦子开始成熟。
最近的天空总是美得像一幅画,而生活虽然有一些小小的不如意,却也经常充满惊喜和感动。