有时我们需要用ImageJ对大量图片重复进行复杂的处理，无法手动完成，ImageJ中有多种方法可以实现批量处理，本文将介绍一种利用脚本进行批量处理的方法。
ImageJ官网上关于宏编程的介绍： https://imagej.net/Introduction_into_Macro_Programming
关于批处理的介绍： https://imagej.net/Batch_Processing
获取宏代码
第一步是获取所需操作对应的宏指令。我们不必关心具体的语法，只需要用Macro Recorder把一步步操作记录下来，自动生成对应的语句。
打开菜单栏中Plugins->Macros->Recorder，保持窗口开着，接下来所有动作都会自动记录。例如下图显示的是打开图片，转化为8-bit格式，二值化。
当然关于宏编程也有官方的指导手册：ImageJ Macro Language Programmer’s Reference Guide
【图片读写路径需要注意，可能在windows系统中需要用双斜线//。】
用脚本文件批量处理
第二步是生成脚本文件。点击”Create”按钮弹出新的编辑器页面，适当修改记录器记录的语句。或者从菜单栏里Plugins-New-Macro创建新的脚本。编写完成后可以点击Run运行。
软件本身还提供了一些模版，比如批量处理一个文件夹下的所有文件，在编辑器页面点Templates->ImageJ 1.x->Batch->Process Folder(IJ1 Macro)。在函数相应位置添加若干语句即可。
关于Fiji
就像Fiji软件标题所说的，Fiji Is Just ImageJ，整个软件界面、使用方法基本和ImageJ完全相同。
Fiji可以从Fiji官网上下载，将压缩包解压即可直接使用，不需要安装。
当我在官网上看到contributors时，不由得吃了一惊。一周前在MPI-CBG的时候，曾经请教过Florian Jug关于使用Fiji进行图像处理的问题，他很耐心地一步步教给我，还讲了很多使用技巧。当时还以为他只是非常熟悉这个软件，没想到竟然是负责这个软件开发维护的团队领导者。